清源梗阳书院始建于清同治元年（公元1862年），由时任知县程豫所建。同年同时兴建的还有徐沟金河书院。
　　程豫字立斋，陕西山阴县人。在任期间，重视文教、带头筹集资金，于当时巡检衙署往西的城隍庙东兴建梗阳书院，本人捐银500两，动员清源士绅集银15000余两。书院三年后建成。
　　书院在清源一带始建于元代，原设在清源平泉村不老泉旁的“清泉书院”即创建于元代。这处书院历经元、明、清三个朝代，几经禁毁后坍塌。明洪武二十年（公元1387年），清源主簿黄福曾主持兴建学堂，也就是书院的前身。嘉庆十五年（公元1536年），知县王怀礼将县城内儒学街的府公馆改为书院。请平定县举人董纶给诸生讲课，这也就是梗阳书院的前身。
　　书院无固定学制及修业年限，学生主要功课为“四书”“五经”、文章正宗、八股制艺、五言八韵等。教育方法以自习为主，辅以集中讲解、质疑问难、读书指导。书院山长（也称院长）由知县与士绅公议择聘，其职责是为学生讲解诗书、批阅文章。书院学生多是本县年轻的秀才，也有经知县选拔出来尚未考中秀才的高才生。书院学生名额多至20名，少至10名。课试一般每月两次，一为官课，由县署命题阅卷分等级给奖；一为师课，由山长命题阅卷，择优给奖，奖银一至二两。
　　清源梗阳书院为官办书院（地址在今县委党校北面）。前院有讲学堂、探源堂、主讲院，后院有监院厅、考棚院，还有厢房、水井、厨房等。
　　梗阳书院规定：童生必须循规蹈矩，不得越封建纲常，不准犯皇家律条。书院经费不准挪用和借用。书院房屋不得作公馆或私用，院内桌椅家具及书籍不得外借使用。书院经费由办学基金存息项下列支。梗阳书院第一任山长是郭有道，后刘文炳也曾任。
　　梗阳书院根据上级规章，于光绪三十年（公元1904年）改为梗阳学堂。光绪三十三年（公元1907年），梗阳学堂又改为清源第一高等学堂（公立），校址迁移至清源文庙。
　　梗阳书院几十年来为社会培养了大批优秀学子，许多成为国家栋梁之才，为当时的文化教育事业做出了一定贡献，为清徐教育史上留下了浓重的一笔。