科学与宗教在本质上是对立的。科学不承认任何超自然的力量，反对用超自然的原因和力量去证明任何自然现象及其发展过程。宗教就其本质而言就是对超自然力量的崇拜，相信超自然的上帝和神灵主宰世界。宗教的本质决定它否认客观存在的必然性和规律。对超自然力量的肯定和否定，决定了宗教与科学在本质上的对立是不可调合的。在认识方法上，宗教与科学也是根本不同的。自然科学从物质的各种实在形式和运动形式出发，去认识事物的各种联系并尽可能地用经验去证明。宗教认识其信仰对象的基本方法是信仰主义，依靠超经验、超理性的启示或神秘主义的直觉。在社会作用方面，宗教与科学也是大相径庭的。科学技术的发展造成巨大的社会生产力，从而推动社会的发展。马克思主义把科学看作是最高意义的革命力量。虽然宗教在特定的历史条件下也通过宗教运动对社会发展起过特殊的推动作用，但一般说来，宗教在历史发展中是一种保守的因素。因为宗教往往把现存的社会制度当成神意的体现，看成神圣不可侵犯的东西。
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